قام رهبان دير القديس أنبا مقار بزيارتين إلى قداسة البابا شنودة الثالث في المقر البابوي: الأولى: يوم الاثنين 5 أكتوبر 2009 وعددهم 28 راهباً، والثانية: يوم الأربعاء 7 أكتوبر وعددهم 28 راهباً، مهنئين قداسته بسلامة العودة من الخارج، شاكرين الله على سلامته، ومصلِّين من أجل دوام صحة قداسته. وكان هدف الزيارة وبناءً على طلب قداسته أن يتعرف على رهبان الدير شخصياً بأعداد قليلة كل مرة، وسيوالي باقي الرهبان بالتتابع وبحسب أقدمية الرهبنة زيارة قداسته كل أسبوع بأعداد قليلة، إلى أن يكون قداسته قد جلس مع كل رهبان الدير.

ووعد قداسته أنه سيجلس مع الإخوة طالبي الرهبنة، كمجموعات أيضاً، ثم يقوم قداسته بعد ذلك برسامتهم رهباناً.

وقد التمس الرهبان من قداسته أن يفي بوعده لهم، ويحقق رغبتهم بقيام الرهبان بأنفسهم بانتخاب أمين الدير من بينهم بالانتخاب الحر المباشر. كما التمس الرهبان من قداسته أن يكون اختيار رهبان لرسامتهم كهنة بحسب أقدمية الرهبان (بشرط الكفاءة طبعاً)، وأن تكون الرسامة أمام مذبح دير القديس أنبا مقار بديره العامر، وذلك ليقوموا بأخذ اعترافات الرهبان، وذلك بحسب اختيار كل راهب لأب الاعتراف الذي يوافقه.

وقد أوضح الرهبان لقداسته أن الدير كله جماعة واحدة وليس مجموعات. وهكذا فإن مجيء الآباء كلهم لقداسته بالتتابع سيوضح وحدة مجمع الدير.