قام قداسة البابا شنودة الثالث بزيارة دير القديس أنبا مقار للمرة الثالثة يوم الثلاثاء 28 يوليه 2009، حيث وصل إلى الدير حوالي الساعة الثانية عشرة قبل الظهر مُصطحباً معه أصحاب النيافة الأنبا يؤانس والأنبا إرميا من سكرتارية قداسته والأنبا صرابامون أسقف دير الأنبا بيشوي والأنبا بطرس الأسقف العام. وقد استقبله الآباء الرهبان بالصلوات والألحان كالمعتاد، ثم صعد فور وصوله إلى صالة كبار الزوار بمبنى المضيفة المتاخمة لباب الدير لكونها مكيّفة الهواء وتحوي مائدة الطعام، وذلك لاختصار المسافات لراحة قداسة البابا. وقد بدأ قداسة البابا الاجتماع بالصلاة على المائدة وقرأ فصلاً من كتاب بستان الرهبان حسب طقس دير القديس أنبا مقار المتَّبع منذ عام 1969. ثم بدأ في الرد على أسئلة الآباء الرهبان حول بعض الأعمال التي يقومون بها في الدير، وكان يستدعي الآباء المختصين بكل عمل حسب ما ورد في هذه الأسئلة ليتحقق من الوقائع وبعض البيانات، وقد أعطى تعليماته في هذا الشأن. وقد صرح قداسة البابا بأنه في الزيارة القادمة (لم يحدد موعدها) سوف يشرف على انتخاب الرهبان لأمين الدير، وطلب من الرهبان أن يكونوا جاهزين بأسماء المرشَّحين ليتم انتخاب واحد منهم بواسطة الرهبان. كما وعد برسامة المبتدئين رهباناً بعد الجلوس مع كل واحد منهم للتأكد من استعداده. ثم قرأ التقرير المقدَّم من اللجنة المكلَّفة بتنفيذ إنشاء حامل للأيقونات، وأبدى سروره من أن المشروع يجري تنفيذه حسب المرسوم له. كما وافق على سفر أحد الرهبان للخارج على نفقة الدير لعلاجه ولإجراء عملية له في العمود الفقري. وفي حوالي الساعة الثالثة والنصف أنهى قداسته الجلسة بالصلاة وانصرف مودَّعاً من الآباء بمثل ما استُقبل به من الحفاوة والإكرام.
وقد ساد الإجتماع جو الصراحة من الرهبان في شرح بعض الأوضاع وحقق قداسته فيها بصراحة أيضاً أمام الآباء الرهبان والآباء الأساقفة وأعطى تعليماته لهم بخصوصها.